3. 进军叙利亚
拿破仑在新近获悉叙利亚的土耳其总督杰查正在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及的消息后，决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新召募的5万大军，逼苏丹言和，进而协助他进军印度。11月19日，拿破仑向杰查下了最后通牒：“如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所，我将视之为战争行为并将向阿克进军。”
没有得到对方答复，拿破仑便照计划开始入侵了。他组织了由4个师汇集的远征队，自己亲自带兵出征。1799年2月10日，拿破仑从开罗出发。17日到达阿里什。此时雷尼埃师和克莱贝尔师久攻土耳其的要塞未克。拿破仑在出发时曾将所有的攻城重炮装船海运，准备在阿克卸载供他使用。此时没有重炮，他便集中所有野战炮对敌要塞猛轰。土耳其守军终于动摇投降，900名士兵当了战俘。法军乘胜前进。24日，未遇抵抗便进入加沙；3月3日，法军来到雅法城下，受到守军的顽强抵抗，3月7日，法军在城墙炸开缺口，攻陷了此城。法军入城后大肆奸淫掳掠。
拿破仑在此还下令屠杀了二千多名战俘，成了他的生平及其人格上的一个污点。
3月17日，拿破仑率兵到达海法并在卡梅尔山设立了司令部。由此向北望去，隔海就是杰查的老巢阿克要塞。这座要塞以前是一个古堡，它三面环海，地理位置十分重要。驻守要塞的守将是一个土耳其人，他有250门炮，此外还有英军史密斯准将率领的2艘战列舰和12艘炮舰的支持。在史密斯的炮舰上，还有一位英军上校菲利波，以前他曾是法国炮兵军官，并与拿破仑在巴黎时是同班同学，但两人一向关系并不和睦。
当拿破仑到达卡梅尔山的时候，运载其攻城炮的船只也到了阿克港外，不幸这些运载船由于雾大，正好落入英国海军舰队的怀抱。因此拿破仑攻城时不仅没用上这些重炮，反而倒遭了这些重炮的轰击，但拿破仑并不气馁，经过十余天的布置，3月28日，开始了第一次强攻，此次没有成功。4月1日又一次实施进攻，结果也伤亡惨重没有成功。此时，史密斯又派3800名陆战队员增援土耳其守军，法军一时难以攻克。在围城战的最后一周，那位菲利波上校却由于瘟疫而病死了。在拿破仑久攻不克时，大马士革的帕夏又派出了一支土耳其大军从后方攻击围城的法军，克莱贝尔率领的一个2000人支队在阿东南厄斯德累伊伦平原的塔波尔山遭到了攻击。经过了长达10小时的英勇抗击，法军眼看支撑不住了，千钧一发之际，拿破仑亲率邦师赶到，及时击退了这股土耳其人。当晚，拿破仑在一个修道院过夜，后来的5周，拿破仑不顾伤亡，仍然组织部队向要塞强攻，结果都没成功，而且总工程师加法雷利将军也战死了。
眼看无法攻克，伤亡又越来越增大，拿破仑只得放弃了攻城计划。
接着，法军开始撤退。5月24日，法军到达雅法。6月14日回到开罗。一星期后，他命令海军将军冈托姆在亚历山大港准备两艘快速炮帆船准备出港。
7月14日，拿破仑获得情报，一支土耳其舰队已抵亚历山大港并准备登陆。他立即率一个纵队沿尼罗河而下至拉曼尼亚，在此才获悉，由史密斯海军中队护送的土耳其运兵船队已在阿布基尔湾登陆3.8万人，并俘虏了据守该要塞的法军。这支土耳其部队此时尚集结在滩头掘豪自守。拿破仑立刻集结了一万余人，于7月25日拂晓向土军发起进攻。缪拉准将率一个骑兵旅冲破了士军防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。无路可走的大军被撵进大海，有数千人战死或被淹死。
此战结束之后，拿破仑从一份报纸中获悉，法国国内局势正急转直下，法军在意大利和德国分别被奥军和俄军击败。法国民众惊惶不安，“祖国处于危险之中！”拿破仑立刻想到了一个好借口。于是决定返回 法国。他声称要赴埃及视察，于18日悄悄离开了开罗，走时带了一批精选的人才。22日来到亚历山大港，当晚即登上早已备好的快速炮帆船。
凌晨，这艘炮舰驶至港口。走前，他给克莱贝尔留了一封信，命令他暂时代理东方军团司令。